台灣申請電腦軟體專利最容易碰到的問題在於「不符合發明之定義」而被核駁。
發明，係指利用自然法則之技術思想之創作，電腦軟體相關發明亦同。
台灣專利審查在判斷是否符合發明之定義時主要有以下二步驟：
一、判斷是否屬於明顯符合或不符發明定義之態樣；
二、判斷「藉助電腦軟體之資訊處理是否係利用硬體資源具體實現」。
★關於第一個判斷步驟：
☆關於一、「明顯符合發明定義」之態樣，係指電腦軟體相關發明屬於例如：
(i) 對於機器之控制，或具體執行伴隨控制之處理者。細分如下：
(1) 基於所控制之機器或與所控制對象相關連之機器的構造、構件、組成、作用、功能、性質、特性或作動等進行控制者。
例如：利用透過網路伺服器控制電鍋在預定時間完成煮飯。
(2) 依據機器之使用目的，為實現其作動而進行控制者。
例如：電力控制系統依據電價及發電量、用電量控制發電裝置的供電及蓄電池的蓄電。
(3) 對於包含有複數個相關連機器之系統進行整合式控制者。
例如：依據管理伺服器之指令對於複數個貨物配送裝置與無人機構成的系統進行整合式控制。
(ii) 依據技術性質之資料具體執行資訊處理者。細分如下：
(1) 對於表現出物體技術性質的數值、圖像等資料執行計算或處理，以獲得數值、圖像等資訊。
例如：對心臟之電生理活動的資料執行計算或處理，以獲得數值之資訊。
(2) 利用物體狀態及其相對應現象間的技術關係進行資訊處理者。
例如：利用車輛之速度及加速度與鄰近車輛之速度，與車禍是否發生之相關關係進行資訊處理。
☆其次，關於「明顯不符發明定義」之態樣，係指電腦軟體相關發明屬於例如：
(i)未利用自然法則者；
(1) 人為安排（artificial arrangement）。
例如：程式語言。
(2) 自然法則以外之規律或人為規則。
例如：遊戲或運動之規則或方法、經濟法則等。
(3) 數學公式或數學方法。
例如：快速傅立葉變換之方法。
(4) 人類的精神或心智活動。
例如：法律文件的撰寫。
(5) 僅利用前述(1)至(4)者。
例如：商業方法的實現。
(ii)非技術思想者。
發明僅為單純之資訊揭示時，其本身並非技術思想之創作。
例如：使用者介面之圖形設計配置、顯示於一裝置上的簡訊所包含之訊息內容、記載晶片使用方式之使用手冊或規格書、儲存有音樂檔案之光碟片、利用數位相機拍攝而得之影像資料等，均為單純之資訊揭示。
另外，電腦系統與資料格式的互動結合僅在於資料收集、輸入的相關步驟，即使該資料可能包含特殊的格式，依然屬於單純之資訊揭示。
★關於第二個判斷步驟：
判斷「藉助電腦軟體之資訊處理是否係利用硬體資源具體實現」係指藉由電腦軟體與硬體資源之協同運作，依據資訊處理之目的建構出特定的資訊處理裝置或方法。
例如：具有輸入單元、處理單元及顯示單元等硬體資源，並藉電腦軟體之資訊處理來實現特定功能，然無法依據資訊處理之目的實現特定的資訊處理或計算，據以建構出特定的資訊處理裝置或方法，不符發明之定義。
※申請要領：
根據以上內容，可歸納出在申請電腦軟體專利時，若要有效避免因「不符發明之定義」之類的技術以外問題的核駁，並減少與審查委員解釋的時間浪費，有以下申請要領：
１、軟體最好是協同硬體的機器一起申請，而非單獨就軟體本身功能或是軟體方法申請，其中機器必須是電腦以外的具有既定功能的機器。
２、軟體的功能最好是讓機器執行具有技術性之作動，而非只是單純進行根據人為規則的運算及輸出。
３、軟體最好是能產生技術性的功效，其功效要能夠具體量化，而非只是人為觀感上的效果。
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