日本软件专利最容易碰到的问题在于「违反明确性要件」及「未利用自然法则」而被核驳。
★关于「违反明确性要件」
☆根据日本专利法（特许法）第36条第6项第2款，关于申请专利范围的记载，欲获专利的发明必须是明确的。 日本专利审查在判断是否违反明确性要件时，当规定发明的事项中有技术性不完备的结果，造成发明不明确的情况，则判断为违反明确性要件。
规定发明的事项的技术含义无法让所属领域具有通常知识者理解，甚至即使参考申请时的技术常识而发明特定事项依然明显有所缺乏，发明则为不明确。
如果请求项中的发明范围是明确的，通常可以从请求项中清楚地理解发明。但是，即使发明的范围是明确的，如果不能理解规定发明的事项的技术含义，而且，如果考虑到申请时的技术常识，规定发明的事项显然是缺乏的，就不可能精确地确定新颖性和创造性等专利要求。在这种情况下，无法以单一请求项保证明确掌握发明所必要的申请专利范围的功能，因此违反了明确性要件。 此外，规定发明的事项彼此不具有技术性关联，也会被判断为发明不明确。 例如：发送特定的计算机应用程序的信息传送媒体。
发送信息是发送媒体固有的功能，「信息传送媒体发送特定的计算机应用程序」的说法仅仅是指在任何特定的时间，在信息传送媒体的某个地方发送特定的计算机应用程序，除了发送媒体固有的上述功能外，并没有说明信息传送媒体与计算机应用程序之间的任何关系。
★关于「未利用自然法则」
☆根据日本特许、实用新案审查基准第Ⅲ部第1章2.1.4「未利用自然法则者」所规定：请求项所述之发明有人为安排（例如：游戏的规则本身）的情况，该请求项所述之发明并非是利用自然法则，而不属于「发明」。
※根据以上内容，可归纳出在申请电脑软件专利时，若要有效避免因「违反明确性要件」及「未利用自然法则」等技术以外问题的核驳，并减少与审查委员解释的时间浪费，有以下申请要领：
1、在申请专利范围中，明确规定发明的事项以外，须留意其技术含义是否能让所属领域具有通常知识者理解，且规定发明的事项彼此须有技术性关联。
2、软件最好是协同硬件的机器一起申请，而非单独就软件本身功能或是软件方法申请，其中机器必须是计算机以外的具有既定功能的机器。
3、软件的功能最好是让机器执行具有技术性之作动，而非只是单纯进行根据人为规则的运算及输出。
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