日本軟體專利最容易碰到的問題在於「違反明確性要件」及「未利用自然法則」而被核駁。
(I) ★關於「違反明確性要件」
☆根據日本專利法（特許法）第36條第6項第2款，申請專利範圍的記載發明必須是明確的。
※判斷是否明確：
(1) 基本原則：
當規定發明的事項中有技術性不完備的結果，造成發明不明確的情況，則判斷為違反明確性要件。
規定發明的事項的技術含意無法讓所屬領域具有通常知識者理解，甚至即使參考申請時的技術常識而發明特定事項依然明顯有所缺乏，發明則為不明確。
(2) 進階原則：
但是，即使發明的範圍是明確的，如果不能理解規定發明的事項的技術含義，而且，即使考慮到申請時的技術常識，規定發明的事項仍然顯然是缺乏的，則將不可能精確地確定新穎性和創造性等專利要求。在這種情況下，無法以單一請求項保證明確掌握發明所必要的申請專利範圍的功能，因此將認定為違反了明確性要件。
此外，規定發明的事項彼此不具有技術性關聯，也會被判斷為發明不明確。
☆範例：
傳送特定的電腦應用程式的資訊傳送媒體。
說明：
傳送資訊是傳送媒體固有的功能，「資訊傳送媒體傳送特定的電腦應用程式」的說法僅僅是指在任何特定的時間，在資訊傳送媒體的某個地方傳送特定的電腦應用程式，除了傳送媒體固有的上述功能外，並沒有說明資訊傳送媒體與電腦應用程式之間的任何關係。
(II) ★關於「未利用自然法則」
☆根據日本特許、實用新案審查基準第Ⅲ部第1章2.1.4「未利用自然法則者」所規定：請求項所述之發明有人為安排（例如：遊戲的規則本身）的情況，該請求項所述之發明並非是利用自然法則，而不屬於「發明」。
※要領：如何有效避免因「違反明確性要件」及「未利用自然法則」等問題的核駁，並減少與審查委員解釋的時間浪費，有以下申請要領：
1、在申請專利範圍中，明確規定發明的事項以外，須留意其技術含意是否能讓所屬領域具有通常知識者理解，且規定發明的事項彼此須有技術性關聯。
2、軟體最好是協同硬體的機器一起申請，而非單獨就軟體本身功能或是軟體方法申請，其中機器必須是電腦以外的具有既定功能的機器。
3、軟體的功能最好是讓機器執行具有技術性之作動，而非只是單純進行根據人為規則的運算及輸出。
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